方晓琴1985年进修于中央音乐学院声歌系，1989年进修于中央戏剧学院导演系。1978年调入中央歌剧院，主演了中国歌剧《刘胡兰》《护花神》《山花灿烂》；外国歌剧《货郎与小姐》《卡门》、美国音乐剧《异想天开》等。
她在中国歌剧《第一百个新娘》中饰演女主角阿依斯汗获文化部优秀青年演员奖。她曾在获第七届大众电影百花奖影片《16号病房》和长影影片《兰鲸紧急出动》中饰演重要角色田进军和郝军医。
1991年起，在歌剧《马可·波罗》《图兰朵》《卡门》中担任助理导演和舞台监督。在《1995年文化部春节电视晚会》中任助理导演。在音乐厅歌剧《费加罗的婚礼》中担任导演。
曾先后出访过日本、香港、澳门、台湾、芬兰。
