琴谱的记录特点，致使古琴的据谱演奏也非常特殊。古琴音乐“打谱”的主要使命，是将一首久已失响的琴曲近乎原貌地展示出来，并将其曲谱转译成现代通行的乐谱，以供研究、教学、演奏、创作之用。
打谱是一项费时费日的艰辛工程，故琴人有“大曲三年，小曲三月”的说法。打谱的过程，涉及音乐史学、考古学、版本学、文献学、乐律学、历史学、文学、指法翻译及琴谱考证等各方面的问题，故学术界有“曲调考古”的说法。
打谱的方法，就是由琴家对这些保留在古代琴谱中的琴曲，通过版本的选择与考证，乐曲的背景分析，指法及演奏方法的研究，谱字的认定，将音高、技法、音色、力度的变化、局部的节奏，都在实地弹奏中将其译解出来，然后再揣摩琴曲意境，经千百遍的弹奏，确定腔韵、句段结构，最后定拍并记谱。
由于琴人据谱演奏有相当的灵活性，琴家可以参考不同的谱本加以选择、综合，加以自己的理解创造。尤其当口传心授有中断时，需要凭借琴谱和谱前“题记”，进行揣摩、研究，进行创造性的复原演奏。因此，“打谱”作为古琴音乐传承中极具创新精神的活动，不断地在古老的琴曲中注入了新的生命力，充分体现了琴人在处理口传与“依谱寻声”、流派传统与琴人个性、音乐整体与技术细节等关系方面的经验和智慧，也使得传统乐曲不断丰富，不断发展，使古老的琴乐成为一种开放的系统。有的乐曲因此衍生出许多不同的谱本，可以多达十几个，数十个。打谱所承继的儒家传统及道家崇尚自然的精神，将为当代人调整其与自然、社会的关系，重新评价“天人合一”哲学观的深刻性和合理性，带来许多新的启示。