关于《水仙操》，一般在解题中都沿用这样一则故事：伯牙向成连学琴三年之后，曲子虽然弹会，却达不到“精神寂寞，情志专一”的程度。后来，伯牙独自一人在蓬莱山上，只听得“海水汩没漰澌之声，山林窅寞，群鸟悲号。”恍然颖悟，于是援琴歌道：

“繄洞渭兮流澌濩，  舟楫逝兮仙不还。

    移情愫兮蓬莱山，？钦伤宫兮仙不还。”

此后，伯牙遂成为天下妙手。故事的意思是讲：学琴不能只停留在技术学习上，必须有较高的素养才能表现乐曲的情趣。

故事初见于汉代的《琴操》，唐、宋以来多有转载。北宋的《琴曲谱录》中虽有此曲目，却不见于明代的传谱，看来已经失传。曲谱初见于《五知斋琴谱》，用的是《秋塞吟》的曲名。《五知斋琴谱》中，特别注明：“时腔，非古调也”。又注明传自金陵派。在《五知斋琴谱》之后，同样的曲谱在《自远堂》等谱集中，却把它名之为《水仙操》。因此，琴家往往将曲意理解为伯牙学琴的故事。现据《自远堂·水仙操》介绍如下：

首段为散起，第二段之后步步加紧，到第六段形成高潮，以后又逐段收束。

首、尾各有一段泛音曲调互相呼应。开头用了如下一段幽静而纤丽的泛音曲调：

（五线谱）

入调之后，运用委婉凄恻的按音滑奏，描绘出伯牙孤寂一人，处于蓬莱仙岛中寂寞的心境。入调后各段主调近似，如第三段开头用了这样的曲调：

（五线谱）

第七段之后，着重发展了前面出现过的欸乃曲调，借以形容伯牙乘船归去时的景象。

（五线谱）

全曲以传说故事为线素，成功地刻划了一个幽美宁静的神话世界。自从《自远堂琴谱》定名为《水仙操》以来，相继刊载它的十多种谱，都沿用了同样的解题。有的说此曲：“逸韵泠然，摹神之作”，有的说它：“缠绵幽咽，顿挫悠扬。”这首琴曲成为近代流行曲目之一。